2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征

doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2022.07.006

	2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征
	岳鹏 1; 高海琴 1; 李哲 ; 米志波 3; 郑博 1; 赵彦敏 1
	2022-04-05
发表期刊	江苏农业科学;
ISSN	1002-1302
卷号	50 期号:7 页码:43-51
摘要	运用生物信息学方法初步分析CRISPR-Cas9和Cpf1在苹果中的整体适用性特征,以期为苹果基因组编辑和CRISPR-Cas在苹果研究中的推广使用提供一定的参考和便利.结果表明,苹果染色体中有数量可观的PAM,平均间隔7 bp碱基有1个5'-NGG、间隔3 bp有1个5'-TTN;也就是说5'-TTN比5'-NGG的出现频率高.SpCas9、FnCpf1分别有29.0％、26.9％的作用位点几乎覆盖了所有染色体基因,个别不能被SpCas9识别的基因能被FnCpf1识别,反之亦然.苹果的CRISPR靶序列有大量重复,单一靶序列被视为能被Cas蛋白特异识别并有效编辑.在靶序列长度为20 nt时,99.5％的染色体基因可至少被其中1种Cas蛋白编辑,分别具有不同的可编辑度搭配;其中的237个基因只能被1种Cas蛋白编辑,填补了另一种Cas蛋白留下的编辑空白,另有220个染色体基因(0.5％)不能被任一种Cas蛋白编辑,即2种Cas蛋白同时留下编辑空白,没有互补.
关键词	苹果 CRISPR-Cas 适用性特征 PAM出现频率基因编辑
DOI	10.15889/j.issn.1002-1302.2022.07.006
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收录类别	中国科技核心期刊 ; 北大核心
语种	中文
资助项目	河北省张家口市社会科学立项研究课题;中国成人教育协会十四五成人继续教育科研规划重点课题;河北省张家口市科技项目;
原始文献类型	Periodical
文献类型	期刊论文
条目标识符	http://ir.library.ouchn.edu.cn/handle/39V7QQFX/26496
专题	国家开放大学河北分部
作者单位	1.张家口开放大学,河北张家口075000; 2.张家口市第六中学,河北张家口075000; 3.河北省张家口市涉密载体管理中心,河北张家口075000
第一作者单位	国家开放大学河北分部
第一作者的第一单位	国家开放大学河北分部
推荐引用方式 GB/T 7714	岳鹏,高海琴,李哲,等. 2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征[J]. 江苏农业科学;,2022,50(7):43-51.
APA	岳鹏,高海琴,李哲,米志波,郑博,&赵彦敏.(2022).2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征.江苏农业科学;,50(7),43-51.
MLA	岳鹏,et al."2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征".江苏农业科学; 50.7(2022):43-51.